自治县地处南亚热带与中亚热带交会处，具有海洋性气候的特点和亚热带山区气候的性质，土地肥沃，雨量充沛，气候温和，适宜于动植物的生长和繁衍，又因山峻水险，加上数百年来各族人民的用心呵护，自然环境人为破坏较少，葆有林业、水力、动植物物种、矿产、旅游、避署等方面得天独厚的丰富的自然资源，1997年以来，自治县先后建立起国家级大瑶山自然保护区和大瑶山国家森林公园。生长在大瑶山的植物种类共有213科870属2335种，属国家一级重点保护的野生植物有银杉、南方红豆杉、伯乐树、瑶山苣苔、合柱金莲木、异形玉叶金花等6种，国家二级保护的野生植物有杪椤、白豆杉、广东松、闽楠等16种。
大瑶山是各种珍禽异兽的乐园，也是广西最大的天然野生动物园，有陆栖脊椎野生动物481种，其中瑶山鳄蜥、云豹、蟒、鼋、林麝、金斑喙凤蝶等6种为国家一级重点保护野生动物，苏门羚、穿山甲、灵猫、地龟、大鲵等46种为国家二级重点保护野生动物。境内盛产灵香草、八角、茶叶、水果、香菇、木耳、生姜、中草药材、油桐、渍茶、棕衣、竹笋等土特产品，八角是境内各族群众脱盆致富的“摇钱树”，绞股蓝被誉为“绞股蓝之王”、“南方人参”，茶叶产品“瑶山醇叶香茗”获得国际名茶金奖。山区内的肉桂、罗汉果、蜂蜜也很有名。
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