自治县内东、西、南各部分在唐代永隆以前分属龚（今平南）、蒙（今蒙山）、象（今象州）三州管辖，永隆之后至五代时期属思唐州（《唐书地理志》、《舆地广志》）；北部即今金秀镇、三角一带，古为荔浦县及修仁县所管。明代全县属大藤峡地区。清代，整个大瑶山境域被进一步分割，分属于沿山周围各州县，并划定了各州县在瑶山的疆界。
1940年，国民党反动政府开始在大瑶山设立金秀警备区署，1942年改为金秀设治局，在军事上统管大瑶山地区，但行政上仍由周围修仁、荔浦、蒙山、平南、桂平、武宣、象州等七县分而治之。1952年5月，在中国共产党民族政策指导下，成立了县一级的大瑶山瑶族自治区，生活在大瑶山上的瑶族同胞结束了被反动统治者“分而治之”的历史。
1955年，大瑶山瑶族自治区改名为大瑶山瑶族自治县。
1966年，改为金秀瑶族自治县至今。
金秀瑶族自治县在1958年以前属平乐专区管辖，1958年后属柳州专区管辖，2002年改属来宾市管辖。